Жорж (Ежи) Меркель родился 5 июня 1881 года в еврейской семье в Лемберге (ныне город Львов, Украина), где прошли его детство и юность.
В 1902 году в качестве ассистента живописца Меркель поступил на курс повышения квалификации по специальности «художественные ремесла» во Львовское индустриальное училище, а через год в Краковскую академию художеств (учился у Юзефа Мехоффера и Станислава Выспяньского), которую окончил с серебряной медалью.
С 1905-1908 гг. Ежи жил в Париже, а затем в Кракове.
В 1909 году вернулся в Париж и женился на художнице Луизе Меркель-Роме (1888-1977).
В 1910 году Меркель впервые выставился во Львове, в 1913 году состоялась его персональная выставка во львовском Обществе любителей изящных искусстви. Среди пейзажей и жанровых композиций на выставках были представлены библейские сцены: «Агар и Измаил», «Руф», «Эстер», «Ревекка» и другие, выполненные в технике масляной живописи, акварели и рисунки.
В Первую мировою войну в составе австрийской армии на фронте был тяжело ранен в голову, прооперирован и на время лишился зрения. В 1919 году зрение вернулось к художнику и он начал постепенно возвращаться к живописи. В этот период он написали «Автопортрет» с повязкой на голове, который сейчас находится в собрании Львовской национальной галереи.
С 1918-1938 год Меркель жил в Вене. В 1935 году, благодаря стараниям львовского коллекционера и мецената К. Каца, была организована ретроспективная выставка Меркеля во Львове. Он стал известным художником, его работы приобрели венские музеи Альбертина и Бельведер. Но когда его искусство было признано нацистским режимом «дегенеративным», он вынужден был эмигрировать во Францию, где он был интернирован, а после освобождения жил в Монтабане на юге Франции, а с 1945 года в Париже.
В 1961 году он получила премию города Вены, а в 1972 году он окончательно поселился в этом городе.
Ежи Меркель был членом австрийской художественной группы Hagenbund, в 1945 году он был удостоен звания почетного члена Венского сецессиона, а в 1972 году становится членом Австрийской академии художеств.
Ежи Меркель умер 24 ноября 1976 года в Вене.
Индивидуальный стиль художника сформировался под влиянием работ Николя Пуссена, Клода Лотарингии и Пувы де Шаванна. Как писала критика,
обнажил фактуру полотна, манипулировал геометрическими фигурами,
использовал матовую гармоничную цветовую палитру".